私は、羽田→クアラルンプール→バリ島(デンパサール)で、クアラルンプール乗り継ぎ時間が3時間の便にしました。実際には羽田便に遅延まったくなく、搭乗待ちのロビーで結構暇な時間がありました。エアアジアに限らず、乗り継ぎはいつも3~4時間は見ておくように私はしています。
エアアジアの「FLY-THRU」なら、「乗り継ぎホールで乗り継ぎ便のチェックイン。第一便が遅着して乗り遅れた場合、次に利用可能なフライトへ無料で変更」とあるので、90分程度でも大丈夫かもしれません(FLY-THRUでなく一度入国審査通って再度チェックインカウンターで手続きして・・・だと90分ではギリギリすぎでリスク大です、多分)。